Kaiser Johannes II. und seine Gemahlin Irene, die übrigens auch auf einem der Mosaike in der Hagia Sophia als kaiserliche Familie zu sehen sind, ließen diesen zuvor als Kloster genutzten Komplex Anfang des 12. Jahrhunderts errichten. Nach der Eroberung Konstantinopels wandelten die Osmanen die Kirche in eine Moschee und nannten sie Molla Zeyrek Camii.
Der zu jener Zeit berühmte Baumeister Nikephoros baute zwei Kirchen, die in der Mitte durch eine Grabkapelle verbunden und von einem Krankenhaus, einem Altenheim, einer Anstalt für Geisteskranke sowie einigen Klosterzellen umgeben waren. Heute kann man neben der geweihten kaiserlichen Grablege des Johannes und dem Erzengel Michael auch die Ruhestätten weiterer komnenischer und palaiologischer Herrschaftsmitglieder und Kaiser von Byzanz sehen.
Die Klosteranlage der Pantokratorkirche besteht insgesamt aus drei ehemaligen orthodoxen Kirchen, die miteinander verbunden sind und einst bis zu siebenhundert Personen beschäftigte. Architektonisch bildet der Komplex den Höhepunkt der komnenischen Epoche im Byzantinischen Reich sowie in Konstantinopel und gibt die byzantinische Kunst dieser Periode wieder: typische Umläufe und vielkuppelige Anlagen, die in manchen Klosterkirchen, religiösen Stiftungen, sowie Klostergründungen vorbildlich wurden.
Als einzigartiger Reliquienschrein wird im Pantokratorkloster seit 1206 die Hodegetria -die Schutzikone Konstantinopels, aufbewahrt. Der Komplex der Zeyrek Moschee beherbergt die nach der Hagia Sophia zweitgrößte noch bestehende Kirche , die in byzantinischer Zeit erbaut wurde. Bis vor kurzem noch stand die Zeyrek Moschee auf der Liste der am stärksten gefährdeten 100 Kulturdenkmäler des World Monuments Fund. Seitens der Koç-Stiftung wird der Komplex jedoch einer sorgfältigen Restaurierung unterzogen.