All'inizio del XII secolo, questo complesso, precedentemente adibito a monastero, fu costruito dall'imperatore Giovanni II e da sua moglie Irene, che si possono vedere in uno dei mosaici di Santa Sofia come famiglia imperiale. Dopo la conquista di Costantinopoli, gli Ottomani trasformarono la chiesa in moschea e la chiamarono Molla Zeyrek Camii.
Nikephoros, che all'epoca era un famoso architetto, costruì due chiese collegate al centro con una cappella funeraria e circondate da un ospedale, una casa di cura, un manicomio e diverse celle di monastero. Oltre al luogo di sepoltura imperiale consacrato di Giovanni e dell'Arcangelo Michele, si possono vedere anche i luoghi di riposo di altri sovrani e imperatori komneniani e palaiologi di Bisanzio.
Il complesso del monastero di Pantokrator comprende tre ex chiese ortodosse, collegate tra loro, che un tempo impiegavano fino a settecento persone. Dal punto di vista architettonico, il complesso è il culmine del periodo Komneniano nell'Impero bizantino e a Costantinopoli e rappresenta l'architettura bizantina di questo periodo.
Dal 1206, l'Icona di Costantinopoli Hodegetria è conservata nel monastero come reliquiario unico. Il complesso della Moschea di Zeyrek ospita, dopo la Basilica di Santa Sofia, la seconda chiesa più grande ancora esistente, costruita nel periodo bizantino. Fino a poco tempo fa, la Moschea di Zeyrek era nell'elenco dei 100 monumenti culturali più a rischio del World Monuments Fund. Tuttavia, il complesso è in fase di attento restauro da parte della Fondazione Koç.